Потери конечно будут, но они составят примерно 1/20 от общих, прикинь площадь двигателя и площадь котла ... А с другой стороны это байпас и если его температура будет ниже то термостат откроется позже, а значит, температура движка немного возрастет, но думаю это примерно 0.2 - 0.5 градуса, не больше.
А на зиму утепляю решетку радиатора и под капотом ложу суфлон, так что прямого продува движка нет, а если нагревается, то только вентиляторы продув создают через щель между двумя радиаторами...
Силиконом обязательно промазываю места ввода проводов и вокруг между терморегулятором и котлом, у знакомого, который решил аналогичный котел на Короллу поставить, уже горела машина по этой причине, он не делал изоляцию и сверху ложил одеяло, оно намокло и коротнуло клеммы, в результате выгорела проводка и крышка трамлера расплавилась. Так что силикон - обязательно, на фото его еще нет.