На тойота форуме читал о подобном случае. Человек пожаловался, что уже год (!) ездит как на МКПП, т.е. L=1, потом 2=2, потом D=3. Сама коробка не переключалась. Так вот, выяснилось, что отгнил разъем на АКПП. Автомат без мозгов ведет себя именно так, как МКПП без сцепления.
Как вариант- попробуй перейти на 2 во время глюков. Скорее всего, плохо подключили какой-то разъем.