У меня таких пауз нет, ни при воспоизведении CD, ни MP3, ни ATRAC (самый популярный мой формат) на Соньке.
Если сам пишешь аудио CD диски, то обязательно пиши как "Disc-at-Once", тогда, можно отключать паузы между дорожками. И они будут сохраняться, если делаешь копию с фирменного диска.
Если будешь писать как "Track-at-Once", то между треками будет именно двухсекундная пауза.